ランダムエンカウントによるコマンド式戦闘となっている。
敵を倒すと経験値、G（ゴールド）がもらえる。
経験値が一定の値になるとレベルが上がる。
経験値はメンバーの数だけ分配される。
また、宝箱がもらえることもある。
パーティーに加えていない仲間がいる場合、戦闘中に訓練所から駆けつけてオートで戦ってくれることもある。
※この仲間は戦闘中に死亡しても戦闘後勝手に復活している
全滅した場合は、パーティ全員のHP・MP・ステータス異常が回復した状態で最後にセーブした宿屋から再開となる。
尚、保険に入っていないと所持金が半減する。

戦い方を変えることができるコマンド。

集中 - 全員で1体の敵を攻撃する。

分散 - オートで攻撃する。混乱状態に陥っていても敵に通常攻撃を行うことができる。

回り込む - メンバーの誰か1人を選んだ敵の後ろにまわりこませて攻撃する。敵の防御力が下がり、気合いの一撃（クリティカルヒット）がでやすくなる。ただし、まわりこませたメンバーは敵の攻撃目標になりやすい。パーティが3人以上いる時に選択可能。

退却 - パーティ全員が敵から逃げ出す。ただし、敵にさえぎられ失敗する場合もある。

店の白い箱型の機械で1枚20ゴールドで買いコレクション出来る。
アルバムを所持していれば、同一カードを3枚までストックできる。
それ以上は10ゴールドで引き取られる。
敵キャラクターは実際のステータスが記載されている。
ゲーム後半、とある場所でゲームオリジナルのカードダスを入手できる。

町や村で待ち受けているカードダスバトラーとのカードダスによるバトル。
現在持っているカードダスの一覧表から選んで闘う。
1回のバトルで使えるカードは、キャラクターカード1枚、お助けカード1枚。
使ったカードは勝敗に関係無く失われる。
勝利した場合は通常の戦闘と同様Gや経験値を獲得する。

コンティニューで再開時、それまでの進行をアニメーションで再現してくれる。
ゲーム中でもある村で紙芝居として見る事が可能。
なお、その中で当時カードダスでは描かれなかった、三種の神器を装着した姿のナイトガンダムが描かれている。